Disposer d’un test qui prouverait 1) que vous êtes malade du Covid-19 ou que vous l’avez été ; 2) que vous n’êtes plus contagieux ; 3) que vous êtes immunisé… voilà qui simplifierait la vie et le déconfinement ! Malheureusement aucun test ne permet de faire tout ça à la fois. Pour le confirmer, en partie seulement, on dispose aujourd’hui de deux sortes de tests de recherche du virus SARS-CoV-2 à l’origine du Covid-19 : les tests virologiques et les tests sérologiques.

LES TESTS VIROLOGIQUES (RT-PCR) : EN PREMIÈRE LIGNE

Les tests virologiques recherchent directement la présence du virus SARS-CoV-2. Grâce à la technique de RT-PCR, ils détectent le matériel génétique du virus (son ARN). Ce sont les tests à pratiquer en premier pour faire le diagnostic : ils permettent de confirmer qu’une personne est infectée par le SARS-CoV-2.

En pratique, il faut le faire par un prélèvement, de préférence dans la zone nasopharyngée : un écouvillon (une sorte de grand coton-tige) est introduit dans le nez jusqu’au pharynx pour récupérer du mucus qui sera ensuite analysé. Cette opération, très désagréable il faut reconnaître, est également délicate. Si l’écouvillon n’est pas introduit suffisamment profondément, le risque est de ne pas récupérer de particules virales, plutôt tapies au fond de la gorge. Dans certains cas, le virus se trouve seulement dans les poumons où il est accessible par un lavage bronchiolo-alvéolaire, technique relativement invasive réalisée en milieu hospitalier.

Aussi, le test RT-PCR n’est pas totalement fiable : sa sensibilité est de 70 % environ. Cela signifie que si l’on teste 100 personnes vraiment malades, 70 auront bien un test positif mais 30 auront un test faussement négatif.

Cette performance dépend aussi de la période où le test RT-PCR est pratiqué. Il ne donne les meilleures réponses que lorsque le virus est présent : en gros dans les 1 ou 2 jours qui précèdent le début des symptômes et atteint son pic dans la semaine qui suit leur apparition.

C’est pourquoi ce test n’est pas approprié en dépistage systématique, c’est-à-dire utilisé de manière large chez un grand nombre de personnes sans symptômes pour repérer le SARS-CoV-2, par exemple avant qu’elles ne retournent travailler. Si on faisait cela, il faudrait faire passer le test très régulièrement car la période de présence du virus n’est pas longue et sa fréquence en population générale est faible ! Mais il peut être utilisé ainsi à titre individuel, chez des personnes en contact avec des malades confirmés.

Le virus peut parfois persister dans l’organisme jusque 3 semaines ou plus mais la quantité diminue et la probabilité que le test soit positif est également réduite. L’interprétation en est alors délicate : un test RT-PCR positif reflète la présence de matériel génétique de virus mais cela ne signifie pas forcément que ce virus est encore actif et contaminant.

Au début de l’épidémie, ces tests PCR étaient en pénurie. Ils ont donc été longtemps réservés à quelques catégories (personnes hospitalisées, soignants, etc.). Ils sont désormais disponibles à grande échelle. Aujourd’hui, il est recommandé que toute personne présentant des symptômes évocateurs soit systématiquement testée. C’est pourquoi il ne faut pas hésiter à consulter (ou téléconsulter) votre médecin, même en cas de doute ou de symptômes légers. Si un Covid-19 est suspecté, votre médecin vous prescrira un examen à réaliser dans un laboratoire de biologie médicale qui sera remboursé à 100 %.

Toutefois il arrive que ce test soit réalisé trop tard au cours de la maladie, ait donné un résultat faussement négatif ou que la personne n’ait pas vraiment eu de symptômes. Dans ces cas, interviennent les tests sérologiques.

LES TESTS SÉROLOGIQUES : EN COMPLÉMENT

Les tests sérologiques recherchent les anticorps, des molécules biologiques produites par le système immunitaire pour se défendre contre le SARS-CoV-2. C’est donc une détection indirecte du virus. Ces anticorps, principalement les IgG et IgM, apparaissent dans le sang (le sérum) 1 à 2 semaines après le début des symptômes.

Ils ne peuvent donc pas servir à un diagnostic précoce du Covid-19 (1). Mais ils peuvent servir pour un diagnostic tardif. Ils sont indiqués lorsqu’il est trop tard pour faire un test RT-PCR, par exemple parce que la personne est prise en charge par le système de santé plus de 2 semaines après le début des symptômes. « C’est un diagnostic de rattrapage », explique le D^r Pierre Zachary, praticien attaché des hôpitaux universitaires de Strasbourg, référent du secteur des sérologies infectieuses au sein du laboratoire de biologie médicale Biogroup.

Autre usage recommandé : le test sérologique doit être pratiqué quand les tests RT-PCR sont négatifs alors que les symptômes cliniques ou les données du scanner font fortement soupçonner un Covid-19. Il peut aussi être utilisé chez des personnes pour qui le risque d’être infecté ou de l’avoir été est important comme les professionnels soignants.

Outre cet intérêt diagnostique, les tests sérologiques offrent un grand intérêt en santé épidémiologique. Les anticorps IgG restant présents dans le sang au moins 7 semaines, ils permettent de dire si une personne a été infectée. Cette information est importante au niveau de la population pour comprendre la dynamique de l’épidémie, mieux cerner comment elle se transmet à l’échelle d’une région par exemple et évaluer l’immunité collective.

D’apparition plus récente que les tests RT-PCR, les tests sérologiques sont encore en cours de développement pour certains, d’évaluation et de validation officielle. Leurs performances sont très variables d’un test à l’autre. Le gouvernement britannique en a fait l’amère expérience. Il en a acheté des millions pour découvrir que leur fiabilité était trop mauvaise pour qu’ils soient utilisés. Des évaluations publiées montrent que la spécificité de ces tests est très bonne : les personnes non infectées sont bien identifiées comme non infectées (il n’y a presque pas de faux positifs). Mais une proportion non négligeable présente une sensibilité inférieure à 90 %, c’est-à-dire que ces tests loupent plus de 10 % des personnes qui ont contracté le virus.

La performance dépend également de la période où le test est pratiqué. La sensibilité est optimale après 2 à 3 semaines suivant la survenue des premiers symptômes. En ce cas, certains tests atteignent plus de 95 % de sensibilité.

QUID DES AUTOTESTS ET DE L’IMMUNITÉ AU CORONAVIRUS ?

Malgré tout, des tests en format autotest (comme des tests de grossesse) ou en laboratoire de biologie médicale sont déjà commercialisés. Ils ne sont pas pris en charge par l’assurance maladie mais certains devraient l’être après la validation des autorités sanitaires. La perspective d’y recourir pour savoir si on a été malade et immunisé est bien tentante. Des files d’attente se constituent donc devant les laboratoires de biologie proposant ce genre de test. Pour autant, il est prématuré d’y avoir recours, sans prescription ou sans conseil médical, comme simple consommateur. Même pour les personnes à haut risque de complication, précise la Haute Autorité de santé, les tests sérologiques ne sont pas indiqués pour dépister la population générale sans symptômes. D’une part car la fiabilité de ces tests n’est pas encore parfaitement établie. Certains peuvent réagir à la présence d’autres coronavirus et donner l’illusion d’avoir été touché par le Covid-19. D’autre part, même les tests fiables ne garantissent pas que l’on est immunisé. La présence d’anticorps témoigne en effet d’une réaction immunitaire (défense contre le virus) mais pas forcément d’une immunisation (garantie de ne pas être réinfecté). Un exemple est celui de l’infection au VIH : les malades produisent des anticorps (c’est précisément un test sérologique qui sert au diagnostic) mais ils restent contagieux et pas immunisés. Pour les coronavirus, c’est un peu différent puisque contrairement au Sida, on guérit en général du Covid-19. Il est donc plausible que les anticorps procurent, au moins temporairement, une immunisation contre le Covid-19. En l’état actuel des connaissances scientifiques et médicales, une séropositivité vis-à-vis du SARS-CoV-2 n’est pas synonyme d’une protection contre une réinfection par ce même virus.

DES OUTILS DE CONTRÔLE DE L’ÉPIDÉMIE

Les tests RT-PCR permettent donc de dire si une personne est infectée au moment où elle passe le test. Les tests sérologiques permettent de dire si une personne a été infectée par le passé. Les deux sont complémentaires pour offrir un diagnostic. Mais ce n’est pas le seul enjeu. Ces tests qui ont cruellement fait défaut au début de l’épidémie, sont aussi des outils de contrôle de l’épidémie. Repérer avec certitude les personnes infectées permet une mise en quarantaine (en quatorzaine plus exactement) des malades précoce et ciblée. Il permet aussi l’isolement des cas contacts, ces personnes ayant fréquenté avec un risque élevé de transmission une personne infectée. Alliée à des outils de traçage, cette politique de tests systématiques a pour vocation de casser la chaîne de transmission.

Selon les estimations gouvernementales, cela représente un volume de 700 000 tests par semaine en France. Après en avoir longtemps manqué, les capacités de tests ont beaucoup progressé. Le manque de machines et les pénuries de réactifs appartiennent plutôt au passé. Pour autant, des tensions subsistent, déplore le D^r Pierre Zachary : « Désormais, nous rencontrons des difficultés pour nous approvisionner en petit matériel : des plaques, des cônes en plastique, ce genre de consommables. C’est un combat journalier et cela va encore être problématique dans les 2-3 semaines qui viennent. »

(1) Place des tests sérologiques dans la stratégie de prise en charge de la maladie Covid-19, Haute Autorité de santé, 1^er mai 2020.